Skolen i Athen repræsenterer den rationelle sandhed. Her ses matematikere, fysikere, metafysikere m.fl. opstillet i en række mindre grupper, hvor der diskuteres eller undervises. I forgrunden til venstre sidder filosoffen Pythagoras (570-490 f.Kr.) som forklarer de omkringstående om diatessaron – direkte oversat betyder diatessaron ”gennem fire”, og eksempelvis i musikkens verden derfor den rene kvart. (Pythagoras’ hoved alene, kan ses i museets inv.nr. E1965). Gruppen til højre viser matematikeren Euklid (ca. 300 f.Kr.) som er i færd med at undervise sine elever i geometri. (Euklids hoved kan ses i inv.nr. E1964). På samme måde er også logikere, retorikere og grammatikere grupperet i Rafaels (1483-1520) Skolen i Athen, som i Thorvaldsens samlinger bl.a. findes i form af Domenico Cunegos kobberstik.
En fornyet interesse for antikkens kunst og kultur prægede den tid som Rafael arbejdede i. Først i 1855 introducerede den franske kunsthistoriker Jules Michelet (1798-1874) begrebet ”renaissance” (renæssance) for at understrege, hvordan han i denne periodes kunst så en genfødsel af antikken. At Thorvaldsen og hans samtidige ikke alene har beundret antikken men også den stille storhed i Rafaels værker, levner Thorvaldsens samlinger ingen tvivl om.